学院设有计算机科学与技术、信息与通信工程、软件工程3个一级学科博士学位授权点；计算机科学与技术、信息与通信工程、软件工程3个博士后流动站。

1、计算机科学与技术（0812）

本学科计算机专业创建于1978年；1978年开始招收和培养研究生，1981年获得首批计算机应用技术硕士点授权，1986年获得计算机应用技术博士点授权，1987年被评为原机械部部级重点学科。2001年获批计算机应用技术安徽省重点学科；1996年获得计算机软件与理论硕士点授权，2006年获计算机软件与理论安徽省重点学科；2006年获计算机科学与技术一级学科硕士授权；2007年获计算机科学与技术博士后科研流动站；2010年获计算机科学与技术一级学科博士授权；2001年获计算机技术工程专业硕士授权。

本学科下设计算机系统结构（081201）、计算机软件与理论（081202）、计算机应用技术（081203）、信息安全（0812Z1）、信息与计算（0812Z2）五个二级学科；分为六个培养方向：（1）数字媒体技术；（2）数据挖掘与智能计算；（3）情感计算与交互；（4）计算机图形学；（4）分布式实时系统；（6）计算机网络与信息安全。

2、信息与通信工程（0810）

本学科分别于1978和1998年在计算机应用技术专业开辟研究方向并招收硕士、博士研究生，1986年获得信号、电路与系统学科硕士授权，2001年获批信号与信息处理安徽省重点学科，2003年获得信号与信息处理二级学科博士授权，2006年获得信息与通信工程一级学科硕士授权，2009年获得信息与通信工程博士后科研流动站，2010年获得信息与通信工程一级学科博士授权。2001年获得电子与通信工程专业学位授权。

本学科下设通信与信息系统（081001）、信号与信息处理（081002）、智能科学与技术（0810Z1）三个二级学科；分为六个培养方向：（1）智能信息处理；（2）多媒体计算与信息安全；（3）数字信号处理与高效探测；（4）空间信息处理与导航；（5）信息器件与新体制雷达；（6）无线通信网络及光通信。

3、软件工程（0835）

合肥工业大学软件工程的前身—计算机应用专业创办于1978年。2003年获软件工程领域专业学位授权点，2009年软件工程本科专业开始招生，2011年获软件工程一级学科博士学位授予权，2012年获批博士后科研流动站。

本学科分为五个培养方向：（1）面向服务的知识工程；（2）软件交互技术；（3）软件质量保证与可信计算；（4）嵌入式软件理论与技术；（5）多媒体信息系统。重点围绕工业软件，针对工业过程控制、工业生产管理的实时性、复杂性之特点，以智能化、可视化为手段，以安全性、可靠性为目标，探索符合工业软件特点的软件工程方法，在面向服务的软件工程方法、嵌入式软件理论与技术、软件工程可视化技术、软件质量保证与可信计算等领域开展深入研究并取得显著成果。